C'est encore récent, j'ai eu un problème très similaire depuis l'été dernier, et ma piscine (liner original je suppose) a été installée en 2000. Mais c'est peut-être lié à la dureté de l'eau, chez moi elle ne dépasse pas 15°F.
Dans mon cas, un champignon pourrait jouer, mais c'est probablement des traces de calcaire qui s'accumulent dans le liner, et qu'un nettoyage un peu énergique va décrocher et remettre en circulation. Je pense que mon problème est survenu suite à l'achat en 2019 d'un mini-robot qui brosse les parois vigoureusement, et décroche ces traces de calcaire.
Il faut être prudent avec ces brossage vigoureux, car à la longue c'est le calcaire qui tient ensemble le liner devenu poreux (comme il bouche un joint qui fuit un peu).
Ce qu'on m'a recommandé l'an dernier, c'est de mettre je ne sais plus quel produit, de laisser tourner la pompe quelques minutes pour bien répartir le produit, puis couper le filtrage pendant 24h. Il se produit un "dépôt en suspension" au fond de la piscine. Ensuite lancer l'aspiration à partir du fond, en mode vidange.
Le contenu du filtre venait d'être renouvelé; au début j'avais changé l'eau, et ça avait recomencé très vite.
D'une façon générale, il ne faut pas trop parler d'encrassement du filtre en cas de calcaire. Le filtre agit sur des particules en suspension, c'est mécanique. Le calcaire va essentiellement se dissoudre dans l'eau, sans possibilité de filtrage mécanique.
Un peu comme de l'eau salée passée dans un filtre à café. A la sortie elle est toujours salée.